L'histoire se déroule au XIIIème siècle, en Europe les forces d'Athéna, Hadès, Poséidon et des autres dieux grecs continuent de s'opposer. En Asie, les yokaïs et kamis japonais voyant l'équilibre du monde menacé s'allient aux dieux chinois afin de faire cesser ces conflits. Les dieux grecs essuient une défaite sans précédent, pris de court et n'étant pas unis face à cette menace. Zeus et les dieux survivants tels qu'Athéna et Hadès sont obligés de se replier dans une nouvelle Olympe, tous leurs domaine ayant été détruits. Pire encore, certains dieux ont été faits prisonniers durant les conflits, amenuisant leurs forces et attisant leurs colères.

La guerre a pris fin et les grecs doivent se reconstruire pour reconquérir ce qui leur a été pris et délivrer les leurs. Mais les asiatiques bien qu'ayant des divisions naissantes entre eux sont toujours présents, surveillant l'Europe et cherchent les rescapés grecs. De plus, à cause des combats Zeus n'a pu maintenir le sceau emprisonnant les titans qui sont de retour et plus au Sud en Egypte, les dieux égyptiens se sont éveillés et pourraient jouer également leur rôle dans ces nouvelles batailles...